Organising your data for analysis

Multivariate data sets can often be arranged as a two-dimensional matrix, consisting of N samples (or stations) forming the columns, and the S variables (e.g. species or % chemical composition) forming the rows. This matrix or grid can hold either the observed abundance of each variable, an abundance score, or presence-absence information. Presence-absence data are just recorded as 1 if the species was found in the sample, and 0 if not. The most convenient way to store and organise these data is with the use of a spreadsheet program such as Excel. Most statistical and multivariate software can import data from these spreadsheets. If the objective is to search for species inter-relationships then the N column by S row matrix of species correlations or similarities may be formed, and what is termed an R analysis undertaken. If the objective is to identify samples with similar communities then the N column by S row matrix of sample correlations or similarities may be used in a Q analysis.

 site 1        site 2        site 3        site 4        site 5        site 6        site 7        site 8        site 9        site 10        site 11        site 12        site 13        site 14        site 15        site 16        site 17

Achmil        1        3        0        0        2        2        2        0        0        4        0        0        0        0        0        0        2

Agrsto        0        0        4        8        0        0        0        4        3        0        0        4        5        4        4        7        0

Airpra        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        2

Alogen        0        2        7        2        0        0        0        5        3        0        0        8        5        0        0        4        0

Antodo        0        0        0        0        4        3        2        0        0        4        0        0        0        0        0        0        4

Belper        0        3        2        2        2        0        0        0        0        2        0        0        0        0        0        0        0

Brohor        0        4        0        3        2        0        2        0        0        4        0        0        0        0        0        0        0

Chealb        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        1        0        0        0        0

Cirarv        0        0        0        2        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0

Elepal        0        0        0        0        0        0        0        4        0        0        0        0        0        4        5        8        0

Elyrep        4        4        4        4        4        0        0        0        6        0        0        0        0        0        0        0        0

Empnig        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0

Hyprad        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        2        0        0        0        0        0        2

Junart        0        0        0        0        0        0        0        4        4        0        0        0        0        0        3        3        0

Junbuf        0        0        0        0        0        0        2        0        4        0        0        4        3        0        0        0        0

Leoaut        0        5        2        2        3        3        3        3        2        3        5        2        2        2        2        0        2

Lolper        7        5        6        5        2        6        6        4        2        6        7        0        0        0        0        0        0

Plalan        0        0        0        0        5        5        5        0        0        3        3        0        0        0        0        0        2

Poapra        4        4        5        4        2        3        4        4        4        4        4        0        2        0        0        0        1

Poatri        2        7        6        5        6        4        5        4        5        4        0        4        9        0        0        2        0

Potpal        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        2        2        0        0

Ranfla        0        0        0        0        0        0        0        2        0        0        0        0        2        2        2        2        0

Rumace        0        0        0        0        5        6        3        0        2        0        0        2        0        0        0        0        0

Sagpro        0        0        0        5        0        0        0        2        2        0        2        4        2        0        0        0        0

Salrep        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0

Tripra        0        0        0        0        2        5        2        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0

Trirep        0        5        2        1        2        5        2        2        3        6        3        3        2        6        1        0        0

Viclat        0        0        0        0        0        0        0        0        0        1        2        0        0        0        0        0        0

Brarut        0        0        2        2        2        6        2        2        2        2        4        4        0        0        4        4        0

Calcus        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        0        4        0        3        0

Table 1: An example of biological data. This is part of the Dune meadow data used by Jongman et al. (1995). The scientific names of the species have been abbreviated.